در تاریخ (۱۳۴۴ خورشیدی - ۱۹۶۵ میلادی)، ایران به عضویت سازمان آسیایی بهره‌وری (APO) درآمد. در آن زمان هنوز تشکیلات سازمانی وجود نداشت. در ۱۳۶۷ خورشیدی مجلس شورای اسلامی ایران تمدید عضویت ایران در سازمان آسیایی بهره‌وری را تصویب نمود و وزارت صنایع سنگین وقت، مسؤلیت دبیرخانه‌ای آن را به عهده گرفت، تشکیلات بهره‌وری به‌شکل مستقل در ۱۳۷۱ خورشیدی راه اندازی شد. در ۱۳۷۲/۴/۲۸ مجمع عمومی فوق‌العاده شرکت دونا سنگ وابسته به سازمان گسترش و نوسازی صنایع ایران تشکیل شد، و نام شرکت مذکور به شرکت سازمان بهره‌وری ملی ایران تغییر یافت و مواردی از اساس‌نامه آن نیز اصلاح شد تا متولی بهره‌وری کشور گردد. این شرکت تا اردیبهشت ماه سال ۱۳۷۷ در این راستا فعالیت می‌نمود. سپس شورای عالی اداری کشور، مصوب نمود که شرکت سازمان بهره‌وری ملی ایران با توجه به جایگاه فرابخشی آن به شرکت سازمان ملی بهره‌وری ایران تغییر نام دهد و از این وزارتخانه جدا و به سازمان امور اداری و استخدامی کشور بپیوندد. در ۱۳۷۸ ه‍.ش با ادغام سازمان امور اداری و استخدامی کشور و سازمان برنامه و بودجه و تشکیل سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور، مالکیت شرکت سازمان ملی بهره‌وری ایران به این سازمان انتقال یافت و در ۱۳۸۴ شرکت موصوف منحل گردید، سپس در ۱۳۸۵ مرکز ملی بهره‌وری ایران ایجاد گردید. نهایتاً در ۱۳۹۰ براساس ماده ۷۹ قانون برنامه پنجم توسعه، سازمان ملی بهره‌وری ایران به عنوان مؤسسه دولتی وابسته به معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رئیس‌جمهور و با استفاده از امکانات قبلی مجدداً نام عوض نمود. آیین‌نامه اجرایی ماده ۷۹ در تاریخ ۱۳۹۰/۸/۱ به تصویب هیئت وزیران رسید و در ۱۲ دی ماه، توسط معاون اول وقت رئیس‌جمهور ابلاغ شد و سازمان تا تاریخ ۱۳۹۳/۱۰/۷ به عنوان زیر مجموعه معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رئیس‌جمهور به کار خود ادامه داد. پس از احیا و تجدید ساختار دوباره سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور در ۱۳۹۳، سازمان ملی بهره‌وری ایران به عنوان یکی از سازمان‌های تابعه سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور کار می‌نمود، در ۱۳۹۵/۷/۲۷ با تصویب شورای عالی اداری (با توجه به تفکیک سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی کشور به دو سازمان برنامه و بودجه کشور و سازمان اداری و استخدامی کشور) در زیر مجموعه سازمان اداری و استخدامی کشور قرار می‌گیرد، شایان ذکر است این سازمان ملی بهره‌وری ایران به عنوان رئیس سازمان بهره‌وری آسیایی (APO) در ایران فعالیت می‌کند